Atendendo às últimas investigações sobre a fundação da Vila de Nisa da responsabilidade do Prof. Carlos Cebola, podemos avançar com factos novos que vieram trazer uma nova versão da mesma, o que muito enriqueceu o nosso conhecimento sobre a história de Nisa. Neste sentido, os factos apresentados são fruto dessa investigação.
Em 1199, D. Sancho I doa a Herdade da Açafa à Ordem do Templo. Este território era delimitado, de modo muito sumário, a norte pelo Rio Tejo e a sul detinha parte do território dos actuais concelhos de Nisa, Castelo de Vide e parte do território espanhol junto à actual fronteira. Estas doações tinham como objectivo fixar moradores em zonas ermas e despovoadas e, consequentemente, defender o território.
Os Templários edificaram uma fortaleza que os defendesse dos infiéis e que sinalizava a posse desses territórios. Ao mesmo tempo, o monarca anuncia a vinda de colonos franceses, que chegaram de forma faseada, sendo o último grupo destinado ao povoamento do território da Açafa.
Instalaram-se junto das fortalezas construídas pelos monges guerreiros e aí ergueram habitações. Fundaram aglomerados populacionais a que deram o nome das suas terras de origem. É neste sentido que surge possivelmente o nome de Nisa, ou seja, sendo os primeiros habitantes oriundos de Nice, ergueram aqui a sua “Nova Nice” ou, melhor dizendo, a Nisa a Nova, que encontramos nos documentos. Quando surge o termo Nisa a Velha, este refere-se à sua antiga terra de origem, a Nice francesa.
Assim terão nascido Arêz (de Arles), Montalvão (de Montauban) e Tolosa (de Toulouse), cidades do Sul de França.
O primeiro Foral foi dado à Vila de Nisa entre 1229 e 1232 pelo Mestre Dom Frei Estêvão de Belmonte.
Em 1512, D. Manuel I atribuiu novo Foral à Vila, aparecendo a palavra Nisa escrita com dois “ss”, ou seja, Nissa, provavelmente sob a influência da palavra Nice.
Em 1343, D. Afonso IV estava em guerra aberta com o seu genro, Afonso XI de Castela, o que colocava em risco toda esta zona fronteiriça. Daí o Mestre da Ordem ter solicitado ao Rei a construção de uma muralha para protecção da população, pedido este que foi aceite.
D. João I atribui o título de “Notável” à Vila de Nisa e D. João IV, por carta régia de 13 de Outubro, eleva Nisa à categoria de Marquesado, de que fez mercê a D. Vasco Luís de Gama, 5.º Conde da Vidigueira.
Ao concelho de Nisa foram anexados os de Arêz e Montalvão por decreto de 6 de Novembro de 1836 e os de Alpalhão e Tolosa no decreto de 3 de Agosto de 1853, tendo sido desanexadas em 1895 e novamente anexadas em 1898.
A freguesia de Amieira do Tejo passou para o concelho do Gavião em 1836, mas transitou para Nisa através de decreto de 26 de Setembro de 1895.